Chez les animaux, comme les humains, les déchets de la respiration aérobie sont l'eau et le dioxyde de carbone, et les déchets de la respiration anaérobie sont l'acide lactique. La respiration aérobie est une série de réactions qui voient l'oxygène consommée pour libérer de l'énergie à partir du glucose. La respiration anaérobie se produit lorsqu'il y a une dette d'oxygène dans les cellules.
La respiration aérobie se produit principalement dans les mitochondries des cellules eucaryotes et l'énergie trouvée dans ces cellules est sous forme d'adénosine triphosphate (ATP). La respiration est essentiellement un processus de production d'ATP. Au cours du processus, le glucose passe par la glycolyse, ce qui crée du pyruvate et de l'ATP. S'il y a de l'oxygène disponible, ce pyruvate est oxygéné, créant de l'acétyl-CoA, et déplacé vers la mitochondrie où plus d'ATP est produit et à la fois de l'eau et du dioxyde de carbone sont administrés. L'eau et le dioxyde de carbone se combinent pour produire de l'acide phénique, qui aide à maintenir les niveaux de pH du sang.
S'il n'y a pas d'oxygène disponible pour le pyruvate après la glycolyse, le pyruvate entre dans un processus de fermentation. C'est ce qu'on appelle la respiration anaérobie, et elle est utilisée lorsque les cellules musculaires ont épuisé leur apport en oxygène. Pendant la respiration aérobie, jusqu'à 38 ATP peuvent être produits; cependant, dans la respiration anaérobie, seulement deux sont produits. Lorsque l'oxygène est à nouveau disponible, le NAD+ dans la cellule se forme avec l'hydrogène de l'acide lactique pour former plus d'ATP.