Les plans d'eau touchés par les pluies acides comprennent les cours d'eau et les lacs entourant les Adirondacks et les montagnes Catskill, les hautes terres de la région des Appalaches centrales et du Haut-Midwest. Une enquête menée par l'Environmental Protection Agency indique que plus de 75 pour cent des 1 000 plans d'eau douce de plus de 10 acres sont acidifiés.
La situation est particulièrement dramatique dans les zones où la capacité tampon du sol est faible, car cela conduit à l'accumulation d'acidité du sol lorsque les pluies acides tombent en continu. Little Echo Pond à Franklin, N.Y., est un excellent exemple, enregistrant un pH de 4,2. Les cours d'eau qui traversent des régions à faible capacité tampon du sol absorbent l'acidité du sol et gagnent leur propre acidité. Les autres sources d'acidité des cours d'eau comprennent le ruissellement acide des déluges et la fonte des neiges.
Les pluies acides causent également des problèmes écologiques, notamment la réduction de la population de poissons en raison de l'éradication des œufs et des alevins. Les pluies acides ralentissent la croissance des arbres, bouleversant l'équilibre écologique des biomes forestiers. Le taux de libération d'ions de métaux, tels que l'aluminium, dans l'écosystème est accéléré dans un environnement acide. Ces ions métalliques sont toxiques et causent des dommages considérables aux poissons et aux animaux aquatiques. La destruction de la vie végétale et animale due aux pluies acides entraîne un effet de cascade, dans lequel la biodiversité compromise de l'écosystème entraîne elle-même des complications.
