La principale différence entre les protistes et les monerans est que les protistes sont eucaryotes tandis que les monerans sont des procaryotes. Les protistes, tels que les amibes, sont donc plus étroitement liés aux humains qu'aux monerans, tels que les bactéries.
Les monérans et les protistes sont tous deux des organismes unicellulaires, mais leurs similitudes se terminent en grande partie au niveau de l'anatomie grossière. Monera est un groupe qui comprend toutes les vraies bactéries, tandis que Kingdom Protista contient des algues unicellulaires, des amibes et des paramécies. Les protistes ont des membranes extérieures relativement simples et des parois cellulaires tout aussi simples, voire absentes. Les monerans ont des parois cellulaires chimiquement complexes et, à de très rares exceptions près, ne possèdent pas les cils, flagelles ou pseudopodes communs chez les protistes. Les protistes ont des noyaux cellulaires discrets qui contiennent un ADN orienté linéairement organisé en plusieurs chromosomes. Les monerans n'ont pas de noyau et leur ADN est arrangé en un seul chromosome en forme d'anneau. Les protistes, comme tous les eucaryotes, réalisent la synthèse des protéines à l'aide de composants cellulaires distincts appelés organites, dont les monérans sont totalement dépourvus. Les protistes peuvent se reproduire de manière sexuée ou asexuée, selon les espèces et l'environnement, tandis que les monérans se reproduisent généralement de manière asexuée par fission binaire. Monera est de loin le royaume de la vie le plus vaste et le plus diversifié, tandis que les protistes maintiennent une relative similitude dans la chimie, l'anatomie et le comportement.
