Les bactéries et les protozoaires sont très éloignés les uns des autres, les bactéries étant classées comme procaryotes et les protistes comme eucaryotes. Cela signifie que les protozoaires sont plus étroitement liés aux humains qu'aux bactéries. Les deux organismes sont structurellement distincts. Les cellules bactériennes n'ont pas de noyau et les protozoaires contiennent des organites, comme les mitochondries.
Les bactéries sont généralement plus petites que les protozoaires, qui se nourrissent fréquemment de bactéries. Tous les protozoaires « mangent » en enveloppant leurs proies dans de petites poches appelées vacuoles, tandis que les bactéries peuvent absorber les nutriments à travers leurs parois cellulaires. Les bactéries se reproduisent presque toujours par simple fission binaire. Alors que certains protozoaires utilisent également cette méthode, certains se divisent en plus de deux descendants et certains se reproduisent sexuellement.
