Le profilage ADN présente l'avantage d'aider à identifier les maladies génétiques potentielles et d'aider les agents des forces de l'ordre à identifier les criminels. Les inconvénients du profilage ADN incluent la possibilité d'erreurs et la possibilité que les informations soient utilisées à des fins malveillantes.
Le profilage ADN est souvent utilisé par les couples qui envisagent d'avoir des enfants mais qui craignent une maladie génétique. Cela permet à ces couples de déterminer le risque que leurs enfants naissent avec ces maladies et peut aider à éviter beaucoup de souffrances. Cependant, le risque d'erreur dans ces résultats de test peut amener les couples à prendre des décisions basées sur de fausses informations.
Le profilage ADN est également souvent utilisé à des fins répressives. Il permet à la police d'identifier de manière fiable les suspects et peut aider à éliminer des personnes innocentes d'un groupe de suspects. L'avènement d'un profilage génétique plus fiable a aidé la police à résoudre des meurtres des décennies après qu'ils se soient produits. Il a également disculpé des innocents qui ont été condamnés à tort.
Cependant, il existe des inquiétudes concernant la confidentialité et la manière dont ces données sont utilisées. Certaines personnes craignent que les gouvernements utilisent les enregistrements ADN pour discriminer des groupes qu'ils considèrent comme indésirables. Les informations sont stockées dans des bases de données informatiques, elles peuvent donc être vulnérables aux pirates. Le profilage ADN peut également être sujet à des erreurs ou à une contamination qui entraînent une fausse correspondance, impliquant une personne innocente. Il peut également être planté sur les scènes de crime et rendre presque impossible à une personne innocente de blanchir son nom.