Le pKa d'un acide aminé dépend de son type, de son groupe et de ses chaînes latérales. Par exemple, lorsque la lysine fait partie du groupe acide carboxylique, elle a un pKa de 2,18, contre un pKa de 8,95 lorsqu'elle fait partie du groupe amino et 10,53 avec des chaînes latérales.
Dans le groupe acide carboxylique, la plupart des acides aminés ont des valeurs de pKa légèrement supérieures à 2, seule l'histidine tombant en dessous avec un pKa de 1,77. Un acide avec une valeur de pKa inférieure à 2 est considéré comme un acide fort, tandis que ceux ci-dessus sont considérés comme des acides faibles. Les acides aminés dans le groupe aminé ont des valeurs de pKa allant des 8s élevés aux 10s faibles.
