Le travail du système immunitaire est de défendre le corps contre les organismes infectieux et autres intrus. Cela se produit principalement par l'action des globules blancs. Les phagocytes détruisent les cellules et les organismes non indigènes, tandis que les lymphocytes apprennent des infections et permettent au corps de combattre plus facilement les infections répétées. La vaccination utilise les lymphocytes pour augmenter la défense de l'organisme contre la maladie en entraînant les cellules à cibler les cellules infectieuses affaiblies ou mortes.
Beaucoup des symptômes de maladie que les personnes atteintes associent à un virus ou à une infection bactérienne en particulier sont, en fait, le propre système immunitaire du corps qui essaie de débarrasser le système de l'intrus. Par exemple, lorsque le corps détecte le rhume à rhinovirus, il incite les membranes à produire un excès de mucus pour empêcher d'autres intrus et éliminer ceux déjà présents dans le corps. L'augmentation de la température corporelle aide à endommager les micro-organismes envahisseurs, et une réponse accrue à la toux aide à dégager les poumons. Même les symptômes de la diarrhée sont une réponse immunitaire, une tentative d'éliminer les contaminants potentiels du système digestif.
Le système immunitaire du corps peut également être un obstacle, dans certains cas. Certaines maladies et allergies sont causées par un système immunitaire hyperactif, ciblant les propres cellules du corps ou des intrus relativement inoffensifs au lieu d'agents pathogènes potentiels. La polyarthrite rhumatoïde, par exemple, est causée par le système immunitaire qui cible les articulations et cause des dommages.