La différence entre le protoplasme et le cytoplasme est que le premier englobe le cytoplasme et le noyau d'une cellule, tandis que le cytoplasme est la substance semi-fluide trouvée sous la membrane de la cellule. Cela signifie que la différence est mineure , car les deux termes peuvent désigner à peu près les mêmes composants d'une cellule avec différents niveaux de précision.
Protoplasme est un mot qui a été progressivement abandonné dans la biologie moderne en raison de son origine largement inexacte. De nos jours, il se réfère uniquement au cytoplasme et au noyau au lieu d'impliquer que les cellules n'étaient que des conteneurs de protoplasme. La science moderne a depuis découvert que les cellules sont beaucoup plus complexes.
Le cytoplasme est la substance qui contient les organites des cellules qui ont un noyau, entourant les organites comme les mitochondries, l'appareil de Golgi et le cytosquelette. Ces composants font tous partie d'une cellule de la même manière que les grands organismes ont des organes, remplissant des fonctions vitales pour la survie de la cellule. Par exemple, les mitochondries produisent de l'énergie sous forme d'adénosine triphosphate à utiliser par la cellule, le cytosquelette maintient la forme et la structure de la cellule, et l'appareil de Golgi modifie, emballe et trie les protéines pour les transporter plus tard vers leurs destinations cellulaires.