Les eubactéries sont un immense royaume diversifié de microbes procaryotes qui comprend la chlamydia, E. coli et les cyanobactéries. Les organismes eubactériens sont utilisés pour fabriquer du fromage et du vin. Ils peuvent provoquer de graves infections chez l'homme et parfois, comme dans le cas de la flore intestinale humaine, ils passent rapidement d'utiles à nocifs.
Les eubactéries sont toutes des procaryotes. Cela signifie que les membres de ce royaume, qui est aussi vaste et diversifié que les règnes végétal et animal, n'ont pas de noyau cellulaire et génèrent de l'énergie sans les relations symbiotiques qui définissent les eucaryotes.
Les cyanobactéries, un type d'eubactéries, sont parmi les premières formes de vie à être apparues dans les archives fossiles. Les stromatophores coloniaux construisaient de grands monticules, appelés stromatolites, sur Terre il y a 3 1/2 milliards d'années. Ces algues bleu-vert, comme on les appelle souvent, ont été les premiers grands producteurs d'oxygène sur Terre, et elles restent essentielles au maintien de l'équilibre de l'atmosphère terrestre. Certaines cyanobactéries fixent l'azote directement de l'air, enrichissant le sol et permettant aux plantes de se développer.
Les eubactéries nocives existent en tant que parasites. Chlamydia et les spirochètes responsables de la syphilis sont deux exemples d'eubactéries destructrices. E. coli est sans doute un autre bacille nocif. Cette espèce réside normalement dans l'intestin, où elle facilite la digestion, mais elle peut devenir dangereuse dans certains cas. E. coli résistant à la vancomycine est une infection courante dans les services hospitaliers.