Un zygote contient deux ensembles de chromosomes, un de chaque parent. Les deux paires de chromosomes totalisent 46 chromosomes au total chez l'homme.
Un zygote est le résultat final de la combinaison de deux cellules sexuelles. Cela se produit lors de la fécondation, lorsqu'un spermatozoïde du mâle féconde l'ovule d'une femelle. Chaque cellule sexuelle contient 23 chromosomes. Les chromosomes déterminent le sexe de la progéniture. La cellule sexuelle mâle contient un X ou un Y, tandis que la cellule femelle n'a qu'un chromosome X. Si une cellule mâle féconde une cellule sexuelle femelle avec un chromosome Y, la progéniture est mâle.