Certaines caractéristiques communes trouvées chez les procaryotes et les eucaryotes sont qu'ils ont des membranes plasmiques cellulaires, du cytoplasme, de l'ADN et des ribosomes. Les procaryotes comprennent des organismes comme les bactéries et les cynobactéries tandis que les algues, les champignons et les protozoaires sont des types d'eucaryotes. Bien que ces différents types d'organismes présentent certaines similitudes, il existe de nombreuses autres différences.
Une différence principale est que les eucaryotes ont un noyau alors que les procaryotes n'en ont pas. Contrairement aux eucaryotes, les organismes procaryotes n'ont pas d'organites liés à la membrane dans la cellule. Les cellules eucaryotes sont beaucoup plus grosses que les cellules procaryotes. Par exemple, la taille des cellules procaryotes peut varier entre 2 et 20 microns tandis que les cellules eucaryotes varient en taille de 10 à 100 microns de diamètre. En termes de division cellulaire, les cellules procaryotes se divisent par fission binaire et les cellules eucaryotes se divisent par le processus de mitose.