L'antagonisme microbien est la méthode d'utilisation de cultures établies de micro-organismes pour empêcher l'intrusion de souches étrangères. Lorsqu'elle est introduite dans un environnement déjà colonisé, une souche bactérienne invasive a tendance à ne pas prospérer et peut disparaître complètement éteint.
Un exemple d'antagonisme microbien dans le corps humain est la résistance des bactéries buccales établies à de nouvelles souches qui peuvent être introduites par contact bouche-à-bouche. Après un baiser, par exemple, de nouvelles bactéries sont introduites dans l'environnement hostile d'une bouche étrangère. Une fois là-bas, la croissance des bactéries invasives est inhibée par les composés antimicrobiens sécrétés par la flore indigène, ainsi que par la compétition serrée pour les ressources.
