La dénomination des bactéries se fait selon le système binomial introduit par Carl Linnaeus. Une bactérie a un nom de genre, qui indique le genre auquel elle appartient, et une épithète d'espèce. Les épithètes identifient les unités subordonnées au sein d'un genre. Le nom de genre et l'épithète d'espèce forment ensemble le nom scientifique, ou le nom d'espèce, de la bactérie. Le nom est formé en utilisant des mots latins ou grecs latinisés.
"International Code of Nomenclature of Bacteria" est le livre qui contient les règles internationales strictes pour la dénomination des bactéries. Avant l'acceptation d'un nom proposé d'une espèce de bactérie, les règles exigent la publication d'un article scientifique sur l'espèce et l'approbation de l'article par un comité international de taxonomie. Le nom scientifique est toujours écrit en italique. La dénomination d'un genre bactérien est souvent simplifiée par l'utilisation de noms triviaux, qui ne sont pas écrits en italique ou avec une première lettre majuscule. Lactobacilles, staphylocoques, mycobactéries, salmonelles et streptocoques sont quelques noms triviaux. N'utilisez jamais le nom trivial d'un genre complet pour désigner une espèce bactérienne spécifique. Il est parfois indispensable de diviser une espèce bactérienne en sous-espèces. Une épithète de sous-espèce est utilisée pour introduire une sous-espèce. L'épithète est indiquée par l'écriture ssp. ou subsp. devant.
