Il existe plusieurs façons de compter les colonies de bactéries qui se développent dans une boîte de Pétri, du simple comptage à la main à des machines complexes conçues pour mesurer électroniquement la croissance des colonies. Selon le nombre de boîtes de Pétri à compter et la fréquence à laquelle la mesure est effectuée, différents utilisateurs bénéficieront de différentes méthodes de comptage.
Le comptage manuel convient à la plupart des paramètres de laboratoire, car la seule ressource requise est le temps. C'est à la fois économique et facile; toute personne capable de compter et d'enregistrer les taches observées dans la boîte de Pétri est capable de compter les colonies via cette méthode. Il existe des outils simples, notamment des marqueurs et des compteurs actionnés par des clics manuels, qui peuvent faciliter le processus d'enregistrement. L'inconvénient du comptage manuel est qu'il prend du temps et peut être sujet à des erreurs humaines.
Il existe des machines spécialement conçues pour mesurer le nombre de colonies présentes dans une boîte de Pétri. Ces machines fournissent aux utilisateurs une sortie qui comprend les nombres et la croissance sur une période de temps spécifique. L'utilisation de machines à compter est utile dans l'environnement de laboratoire où le temps est mieux consacré à des activités autres que le comptage manuel, et où la précision est d'une extrême importance. Les inconvénients de l'utilisation de machines à compter incluent les dépenses et les fonctionnalités potentiellement limitées de l'appareil, au-delà des simples objectifs de comptage.
