Les chromosomes ont été découverts pour la première fois en 1842 par le botaniste suisse Karl Wilhelm von Nageli. Le nom "chromosomes", qui signifie "corps colorés", a été inventé par Edouard van Beneden en 1888.
Alors que von Nageli a été le premier à identifier les corps en forme de ficelle dans le noyau cellulaire, il a supposé à tort qu'ils formaient un réseau interconnecté dans tout l'organisme. Il ne pouvait avoir aucune idée de leur rôle dans l'hérédité, car le mécanisme de la division cellulaire n'était pas compris à l'époque. Von Nageli est devenu tristement célèbre dans l'histoire scientifique comme l'homme qui a découragé Gregor Mendel de poursuivre ses travaux révolutionnaires sur l'hérédité.
