Les prédateurs terrestres des diverses espèces de manchots comprennent les lézards, les labbes, les serpents, d'autres oiseaux et les furets. Les prédateurs aquatiques se composent principalement d'épaulards, de phoques léopards et de requins. Alors que les manchots sont désormais protégés, les humains sont connus pour les chasser illégalement pour leur huile et leurs œufs.
Les oiseaux incapables de voler sont plus en sécurité sur terre, avec les jeunes manchots, les œufs de manchots et les parents les protégeant les plus susceptibles d'être attaqués par des prédateurs terrestres. Bien qu'ils présentent peu de défense, ils agissent de manière agressive envers les ennemis terrestres. Étant donné que les manchots nageant seuls en eau libre sont les plus souvent attaqués en mer, ils ont tendance à chasser en groupe.