Toutes les espèces connues de manchots vivent naturellement dans l'hémisphère sud du monde. Ils occupent en fait des habitats situés sur chacun des cinq continents de l'hémisphère sud.
L'Antarctique, connue pour sa température froide et glaciale, abrite certaines des espèces de manchots les plus grandes et les plus célèbres, comme le manchot empereur. Contrairement à la croyance populaire, les manchots n'occupent pas eux-mêmes les pôles nord ou sud. La majorité des manchots préfèrent les climats plus froids, mais certaines espèces optent pour un climat légèrement plus chaud. Le manchot des Galapagos réside loin au nord, près des îles Galapagos, situées près de l'équateur. Ils survivent dans ce climat plus chaud grâce aux eaux froides du courant de Humboldt. Étant donné que les manchots ne sont pas capables de voler pour échapper aux prédateurs, ils ont tendance à vivre sur des îles et des zones continentales exemptes d'un grand nombre de prédateurs terrestres. L'Antarctique abrite cinq espèces reproductrices de manchots. Les autres habitations de manchots comprennent le nord du Chili, le Pérou, le sud du Chili, l'Argentine, la Namibie, l'Afrique australe, l'Australie et la Nouvelle-Zélande. D'autres endroits dans le monde où vivent les manchots sont les îles Kerguelen, les îles Falkland, Bouvetoya et les îles Sandwich du Sud.