Certaines espèces de champignons produisent des toxines nocives qui provoquent des maladies ou la mort lorsqu'elles sont consommées. Les champignons sont également responsables d'infections cutanées telles que la teigne et le pied d'athlète. D'autres champignons ont des spores en suspension dans l'air qui provoquent des maladies et des infections potentiellement mortelles, selon le Fungal Infection Trust.
Des formes de champignons unicellulaires, appelées levures, ont la capacité de devenir pathogènes. Candida albicans, une levure qui est normalement présente dans la bouche, l'œsophage, l'intestin et le vagin, provoque un muguet buccal et une infection vaginale ou intestinale à levures si elle se développe. Une autre levure appelée Cryptococcus neoformans provoque une infection dangereuse et potentiellement mortelle de la membrane cérébrale appelée méningite cryptococcique.
Les moisissures, qui sont des champignons multicellulaires, provoquent la pourriture des aliments et des légumes et sécrètent des mycotoxines qui provoquent des fausses couches, des malformations congénitales et le cancer du foie, comme indiqué par Health Hype. Depuis 2012, les maladies fongiques et les infections détruisent chaque année environ 125 tonnes des cinq principales cultures vivrières, à savoir le riz, le blé, le maïs, les pommes de terre et le soja. Les dommages causés à ces cultures coûtent à l'agriculture mondiale environ 60 milliards de dollars par an. Les cultures endommagées affectent de manière disproportionnée les pays en développement qui dépendent fortement de ces cultures. De nouvelles maladies fongiques menacent l'existence d'amphibiens, d'abeilles, de tortues marines, de chauves-souris et de coraux en voie de disparition, rapporte Science Daily.