Les inconvénients de la technologie de l'ADN recombinant sont globalement regroupés en préoccupations commerciales et environnementales. Des problèmes tels que la création d'une monoculture et le contrôle d'organismes modifiés par des intérêts commerciaux sont répandus et complexes.
Il existe de nombreuses inquiétudes concernant la propriété d'organismes génétiquement modifiés par des personnes morales. Ces entités détiennent dans de nombreux cas des brevets sur les informations génétiques desdits organismes, soulevant des questions sur la capacité de posséder et de légiférer les éléments constitutifs de la vie. Ce contrôle appartient au secteur des entreprises soulève également de nombreuses questions sur l'éthique, les incitations économiques et d'autres pratiques.
Une monoculture est une population d'organismes constituée, en fait, de copies ou de clones. Ces organismes sont rendus vulnérables exactement de la même manière, ce qui signifie qu'une seule maladie ou un seul ravageur pourrait potentiellement les éliminer complètement. Il est considéré comme vital de créer et de conserver en réserve des cultures de sauvegarde qui pourraient servir, dans un tel cas, à reconstituer les magasins et à récupérer la production.
D'autres préoccupations concernant l'utilisation de l'ADN recombinant incluent la peur persistante de la contamination croisée et la migration de l'ADN exclusif entre les organismes. Les plantes résilientes pourraient, théoriquement, conduire à des mauvaises herbes résilientes qui pourraient être très difficiles à contrôler. Les organismes recombinants contaminant les environnements naturels sont une autre préoccupation.
