Les cils, les flagelles et les pseudopodes partagent tous un objectif commun en aidant les cellules individuelles à se déplacer d'un endroit à l'autre. Les cils et les flagelles sont tous deux des structures permanentes utilisées pour nager dans l'eau, tandis que les pseudopodes sont des extensions temporaires de la cellule utilisée tendez la main pour faire glisser la cellule.
Les cils se trouvent dans les cellules avec des noyaux, généralement avec plusieurs d'entre eux de deux types différents dans chaque cellule. Les cils sont constitués de structures protéiques spéciales appelées microtubules entourées par la membrane cellulaire. Ces microtubules sont un élément du cytosquelette, un groupe de protéines qui donnent la structure cellulaire. De multiples cils relativement courts tapissent les cellules et battent comme des rames pour déplacer la cellule.
Les flagelles sont de longues queues en forme de fouet, et généralement chaque cellule n'en a qu'une. Ils sont longs par rapport aux cils. On les trouve dans les cellules avec et sans noyau, mais les deux types sont différents. Les cils des cellules à noyaux sont, comme les cils, composés de microtubules entourés par la membrane cellulaire. Ils fouettent d'avant en arrière pour pousser les cellules le long. Celles des cellules sans noyaux sont des structures protéiques uniques qui tournent en fait comme une longue hélice pour pousser les cellules.
Les pseudopodes ne se trouvent que dans les cellules avec des noyaux. Ces structures sont formées à la fois pour la locomotion et pour attraper de la nourriture.