Les exemples de champignons saprophytes peuvent inclure Rhizobium et Rhizopus. Les organismes saprophytes se caractérisent par leur capacité à se maintenir en se nourrissant de matières organiques mortes et en décomposition.
Les champignons, tels que le Rhizobium, aident à maintenir la vie végétale en fournissant de l'ammoniac à la végétation environnante en utilisant l'azote absorbé de l'air. Le rhizopus est un champignon que l'on trouve couramment sur le pain et qui le décompose en nutriments plus simples à utiliser par d'autres organismes. Les champignons saprophytes sont essentiels à l'écosystème en raison de leur fonction de prévention de l'accumulation de matière organique morte et du recyclage des nutriments. Ils utilisent des enzymes pour décomposer les corps d'animaux morts ou de matières végétales en nutriments, tels que la lignine, qui servent de source de carbone pour l'écosystème.