Le système endocrinien est vital pour la reproduction, contrôlant tout, du sexe d'un organisme à la génération et à la libération de gamètes et même à la libido. Le système endocrinien est responsable de la création et de la libération de hormones, les messagers chimiques qui régulent la plupart des systèmes du corps. Les perturbations de l'un des nombreux aspects du système endocrinien peuvent arrêter le système reproducteur.
Chez les humains et les autres mammifères, la testostérone, les œstrogènes et la progestérone sont des hormones sexuelles majeures qui contrôlent la libération des gamètes et, chez les femelles, la préparation de l'utérus pour soutenir les jeunes. Après la naissance chez les mammifères, les hormones contrôlent également la libération de lait pour nourrir les jeunes.
Le système endocrinien, dans son ensemble, partage un rôle avec le système nerveux, gérant des tâches à long terme pour lesquelles l'action rapide et énergique des nerfs n'est pas nécessaire. Les hormones n'ont pas de voies de signalisation dédiées comme le font les nerfs ; au lieu de cela, ils voyagent des glandes qui les produisent par le sang vers les sites où ils sont nécessaires. Les cellules des organes que les hormones affectent ont des récepteurs spéciaux uniquement pour les hormones destinées à affecter cet organe ou ce tissu. Par exemple, un changement dans les hormones sexuelles est reçu par les cellules des ovaires, ce qui les incite à terminer leur développement et à libérer un ovule.