Le chlore peut tuer les micro-organismes bénéfiques dans le sol, affectant ainsi la croissance des plantes ; cependant, la plupart de l'eau potable chlorée n'est pas suffisamment concentrée pour nuire à la vie végétale dans une zone donnée. Cela est dû au fait que le taux de reproduction des micro-organismes dans le sol est si élevé qu'ils ont tendance à se reproduire avant la la plante peut être affectée négativement par le sol.
La plupart des communautés ajoutent de petites quantités de chlore à l'eau potable pour assurer la sécurité des résidents. L'eau potable typique ne contient pas des quantités suffisamment élevées de chlore pour vraiment éliminer les micro-organismes bénéfiques dans le sol, affectant ainsi le moins possible la croissance des plantes. Les micro-organismes bénéfiques trouvés dans le sol se reproduisent à des taux aussi élevés, rendant les effets de l'eau chlorée presque sans objet.
Le chlore se lie également à la surface des particules du sol, ce qui réduit la capacité du chlore à détruire les micro-organismes bénéfiques. De plus, à mesure que l'eau chlorée s'écoule vers les niveaux inférieurs du sol, le chlore se lie à la surface de ces particules de sol, ce qui signifie que l'eau contient moins de chlore lorsqu'elle descend. Des études montrent que le sol soumis à de l'eau potable chlorée ne présentait une réduction des micro-organismes que dans la partie supérieure de 1/2 pouce du sol. Les micro-organismes dans les niveaux de sol plus profonds que 1 pouce n'ont pas été affectés par le chlore.
