Les écosystèmes d'eau douce comprennent les étangs, les lacs, les ruisseaux, les rivières et les zones humides. L'eau douce signifie que la masse d'eau a une concentration en sel inférieure à 1 %. La vie végétale et animale des écosystèmes d'eau douce ne survit pas dans l'eau salée.
Les étangs et les lacs varient de quelques mètres carrés à des milliers de kilomètres carrés. Ils se produisent dans le monde entier mais ont une forte concentration dans les zones de l'hémisphère nord qui ont été affectées par les glaciers de la période glaciaire. Le soleil chauffe la couche près de la rive d'un lac, la zone littorale. Les espèces y comprennent des algues et d'autres plantes, des escargots, des larves d'insectes, des crustacés et des poissons. Les oiseaux aquatiques, les serpents et les tortues de la zone littorale s'en nourrissent. La couche supérieure éloignée des côtes, la zone limnétique, abrite le plancton et les poissons. La zone profonde, la partie la plus profonde, est plus froide et abrite des hétérotrophes, des créatures qui se nourrissent d'organismes morts.
Les rivières et les ruisseaux ont leur source au niveau des sources et des lacs ou à la fonte des neiges. A l'embouchure, le fleuve se jette dans un autre plan d'eau, parfois un autre fleuve ou une mer ou un océan. L'eau est plus propre en amont, a plus d'oxygène et a plus d'organismes d'eau douce tels que la truite et les hétérotrophes. À l'embouchure, où l'eau est souvent trouble à cause des sédiments, il peut y avoir moins d'oxygène et il existe moins de formes de vie et de types d'organismes différents, tels que la carpe et le poisson-chat. Les organismes diffèrent également du plus près des rives au milieu du fleuve.
Les zones humides sont des plans d'eau stagnante qui comprennent des marécages, des tourbières et des marais. Les espèces végétales ici sont appelées hydrophytes, qui sont adaptées à l'humidité et à l'humidité. Les oiseaux, les reptiles, les amphibiens et les animaux à fourrure ont élu domicile dans les zones humides. Certaines zones humides sont des marais salés et ne sont pas considérées comme des écosystèmes d'eau douce.