Les effets négatifs des croisades comprenaient les défaites répétées des armées chrétiennes, le massacre d'innocents et le pillage de Constantinople. La destruction de Constantinople a coupé tout espoir de réparer le schisme Est-Ouest dans le christianisme, et cet événement a laissé l'Empire byzantin vulnérable à l'Empire ottoman.
Des massacres au cours de la première croisade ont eu lieu lorsque le comte Emicho a mené une campagne qui a entraîné le meurtre de Juifs innocents dans toute la Rhénanie au cours de la première croisade de 1096. Cela a entraîné des relations tendues entre Juifs et Chrétiens. Les armées chrétiennes ont également massacré des hommes, des femmes et des enfants par centaines sur leur chemin pour s'emparer de Jérusalem.
Les armées chrétiennes ont subi de nombreuses défaites tout au long des croisades. Par exemple, les armées du roi Louis VII de France et du roi Conrad III d'Allemagne ont été défaites lors de la deuxième croisade aux mains des armées musulmanes à Damas. Les croisés qui ont occupé Jérusalem ont été conquis par le dirigeant musulman Saladin, ce qui a incité la troisième croisade.
Le pillage de Constantinople a eu lieu pendant la quatrième croisade. Le pape Innocent III renversa Alex III de Byzance en faveur de son neveu, qui deviendra plus tard Alexis IV. La tentative d'Alexis d'imposer l'autorité romaine sur byzantine a rencontré une résistance et il a ensuite été tué. Les croisés ont déclaré la guerre à Constantinople, ce qui a entraîné la conquête et le pillage de la ville. Des églises ont également été pillées et de nombreuses personnes ont été tuées.
