Selon l'Université de Californie à Santa Barbara, la principale différence entre les protistes et les champignons est que les champignons ont besoin d'une respiration aérobie pour survivre, alors que les protistes sont capables de vivre dans un environnement anaérobie sans oxygène. Un autre la différence entre les deux est que les protistes sont toujours unicellulaires, mais les champignons peuvent parfois être multicellulaires.
Les protistes et les champignons sont deux règnes dans l'organisation de toutes choses sur terre. Ils sont similaires dans leur fonctionnement et leur comportement, mais ils ont aussi leurs différences. Ils appartiennent tous deux au domaine des eucaryotes, qui comprend également les plantes et les animaux.
Le royaume protiste se compose de membres autotrophes et hétérotrophes. Les autotrophes sont capables de produire leur propre énergie à partir de sources internes, tandis que les hétérotrophes doivent s'appuyer sur des sources extérieures pour obtenir l'énergie dont ils ont besoin pour survivre. Aucun autre royaume n'est composé de membres à la fois hétérotrophes et autotrophes.
Les champignons ne peuvent pas être considérés comme autotrophes ou hétérotrophes, bien qu'ils soient plus étroitement liés aux hétérotrophes. Les membres du règne des champignons consomment des matières mortes ou de composition, ce qui en fait des saprophytes. Ils ne peuvent pas obtenir ce matériel de l'intérieur de leur propre corps comme le peuvent les autotrophes ; ils l'obtiennent plutôt de sources extérieures. Contrairement aux hétérotrophes, cependant, le matériau n'est pas vivant lorsqu'ils en tirent l'énergie dont ils ont besoin.