Les principales causes de pollution de l'eau en Afrique sont : l'urbanisation, la déforestation, les processus industriels, l'exploitation minière et l'agriculture. La pollution de l'eau peut être décrite comme la contamination des masses d'eau telles que les océans, les lacs, les aquifères et les rivières. Il se produit lorsque des polluants sont rejetés dans les plans d'eau sans éliminer ni traiter les composés nocifs.
Au fur et à mesure que de plus en plus de personnes s'installent dans les villes d'Afrique, elles contribuent à un certain nombre de facteurs qui conduisent à la pollution de l'eau. L'urbanisation entraîne une congestion dans les zones urbaines, ce qui entraîne une gestion et un traitement inadéquats des eaux usées. Lorsque les eaux usées non traitées de ces zones urbaines encombrées sont rejetées dans les plans d'eau, elles provoquent une pollution de l'eau. Les produits chimiques des industries dans les zones urbaines causent également la pollution de l'eau.
Le défrichage des terres pour la croissance urbaine et l'agriculture entraîne une pollution de l'eau. Lorsque le sol est laissé sans couverture, il devient sujet à l'érosion du sol. Le sol est emporté par les plans d'eau lorsqu'il pleut, ce qui rend l'eau sale et impropre à l'usage humain.
De nombreux pays en développement d'Afrique connaissent une croissance industrielle rapide sans la mise en place de mesures appropriées d'élimination des déchets. Les industries produisent des déchets qui modifient le pH de l'eau, changent sa couleur et conduisent à l'eutrophisation, un processus dans lequel l'excès de nutriments provoque une croissance excessive des plantes qui à son tour crée une pollution supplémentaire.
De nombreux pays africains, tels que le Nigeria et l'Afrique du Sud, ont de nombreuses activités minières en cours, ce qui augmente la quantité de sels et de minéraux déposés dans les plans d'eau et affecte le pH de l'eau.
La plupart des économies africaines dépendent de l'agriculture. Certaines méthodes utilisées dans l'agriculture augmentent l'érosion des sols et utilisent des engrais et des pesticides en excès. Lorsqu'il pleut, le sol meuble, les excès d'engrais et de pesticides sont entraînés dans les plans d'eau, provoquant une pollution de l'eau.