L'eau salée peut avoir un effet néfaste sur la croissance des plantes en entravant la capacité de la plante à absorber l'eau en raison de la pression osmotique défavorable induite dans le système racinaire. C'est ce qu'on appelle l'effet de déficit en eau de salinité et entraîne l'état de la plante connu sous le nom de sécheresse physiologique. Une quantité excessive de sel entrant dans la plante par le flux de transpiration réduira également la croissance en endommageant les cellules des feuilles dans une condition appelée effet d'excès d'ions de la salinité.
Dans l'ensemble, les plantes peuvent être blessées lorsque leur feuillage ou leurs racines sont exposés à de l'eau contenant du sel. Les molécules d'eau sont maintenues fermement par les ions de sel. Cela rend difficile pour la plante d'absorber l'eau. Lorsque de l'eau contenant du sel pénètre dans le sol, les ions sodium se fixent également aux particules du sol, ce qui provoque le compactage et la densification du sol, réduisant à la fois le drainage et l'aération. Le composant chlorure peut mobiliser les métaux lourds présents dans le sol et réduire la vigueur et la croissance des plantes.
Des quantités excessives de composants de sodium et de chlorure dans la zone racinaire peuvent entraîner une carence en phosphore et en potassium. Bien que les plantes aient besoin de ces nutriments minéraux, le système racinaire peut les contourner en faveur de l'absorption des ions dérivés du sel. Les ions chlorure peuvent également s'accumuler à des niveaux toxiques dans les plantes et se concentrer dans les tissus en croissance active de la plante. Cette condition peut provoquer le dépérissement des rameaux et la brûlure des feuilles.
Parce que les plantes n'ont pas les moyens d'éliminer ou d'excréter un excès de sel de leurs tissus comme le peuvent les animaux, leur seule défense est d'éliminer le sel à travers les feuilles et les aiguilles mortes. Les plantes qui ne perdent pas leurs feuilles chaque année, comme les conifères, sont particulièrement vulnérables aux accumulations de sel.