Les protistes servent à de nombreuses fins dans l'écosystème, notamment en produisant entre 70 et 80 % de l'oxygène mondial, en étant la principale source de nourriture pour les animaux aquatiques et un important agent de décomposition des matières mortes. Les protistes peuvent être à la hauteur à 300 pieds de long, comme dans le cas du varech géant des forêts de varech de l'océan Pacifique.
Les protistes jouent également un rôle dans l'écosystème en raison de leur rôle dans les maladies. Certaines des maladies auxquelles ils sont associés incluent le paludisme et la maladie du sommeil. Les protistes peuvent également être utilisés pour créer des vaccins contre ces mêmes maladies. Il existe également des utilisations quotidiennes plus simples pour les protistes, notamment les épaississants pour soupe, les filtres et les produits de polissage.