Les cochons d'Inde et les hamsters diffèrent par leur taille, leur espérance de vie, leur horaire de sommeil, leur aire de répartition naturelle, leur sociabilité et leur groupement biologique. Bien qu'ils soient tous deux des types de rongeurs, les hamsters appartiennent à la famille des Cricetidae et sont en fait plus étroitement liés aux souris ou aux campagnols qu'aux cobayes. Les cochons d'Inde appartiennent à la famille des Caviidae, un groupe de rongeurs unique en Amérique du Sud.
Les cochons d'Inde vendus dans le commerce des animaux de compagnie n'existent plus à l'état sauvage. Ils ont été développés comme animaux domestiques pendant des milliers d'années, initialement comme source de nourriture pour les peuples autochtones d'Amérique du Sud. Ils sont encore consommés dans certains pays, alors que les hamsters domestiques n'ont jamais été élevés comme animaux destinés à l'alimentation. Les hamsters domestiques forment plusieurs espèces différentes; il n'y a qu'une seule espèce de cobaye domestique. La distribution native des hamsters est l'Europe, l'Asie et l'Afrique, très loin de la distribution native des cobayes.
Les cochons d'Inde sont plus gros, et dans certains cas beaucoup plus gros, que les hamsters, en particulier les variétés naines. Les cochons d'Inde mesurent entre 8 et 12 pouces de long; les hamsters nains peuvent mesurer jusqu'à 2 pouces. Les cochons d'Inde vivent aussi beaucoup plus longtemps que les hamsters. Les plus vieux cobayes peuvent vivre 14 ans. Le hamster captif le plus ancien jamais enregistré a vécu 10 ans, mais la plupart ne vivent que de deux à quatre ans.
Les hamsters sont principalement actifs la nuit et dorment le jour. Les cochons d'Inde sont principalement actifs à l'aube et au crépuscule. Les cochons d'Inde ont un plus grand répertoire de vocalisations que les hamsters, y compris des grincements et des cris. Les cochons d'Inde sont des animaux sociables et plus faciles à manipuler par les humains, tandis que la plupart des espèces de hamsters sont solitaires et peuvent lentement se réchauffer à la manipulation par leurs propriétaires.
