La différence entre le fluorure stanneux et le fluorure de sodium est que seul le premier tue les bactéries alors qu'il a été démontré que les deux reconstruisent l'émail. Le fluorure stanneux a également l'inconvénient de tacher les dents lorsqu'il est inclus dans un composé qui contient de l'étain.
Le fluorure d'étain était un ingrédient ajouté au dentifrice dans les années 1950 jusqu'à ce que l'alternative au meilleur goût et moins chère, le fluorure de sodium, soit développée. Le fluorure stanneux est utile pour les personnes dont les glandes salivaires ne produisent pas suffisamment de salive. La salive est importante car elle aide à protéger contre l'acide et la carie dentaire. Le fluorure stanneux doit être appliqué après le brossage, une fois par jour ou selon les directives du dentiste et laissé en place pendant 30 minutes avant que le patient ne recommence à manger ou à boire. Il ne doit pas être utilisé comme un dentifrice ordinaire. Les patients doivent informer leur dentiste ou leur pharmacien de toute allergie qu'ils ont avant d'utiliser ce produit et mentionner tout antécédent d'aphtes buccaux.
Le fluorure de sodium, qui est présent dans de nombreux dentifrices commerciaux, peut également être utilisé comme supplément oral. Dans ce cas, le consommateur doit se garder de dépasser la dose journalière recommandée à partir de diverses sources combinées. Étant donné que le fluorure est ajouté à l'eau potable de nombreuses communautés, le gouvernement a publié des directives sur l'apport de fluorure pour les nourrissons, les enfants, les adolescents et les adultes.