La différence essentielle entre la méiose I et la méiose II est dans le but. La méiose I est dédiée à la formation de deux cellules haploïdes à partir d'une cellule diploïde, tandis que la méiose II est destinée à diviser les chromatides sœurs dans l'haploïde cellules produites dans la méiose I, créant quatre cellules filles. La méiose I recombine également, ou mélange, les gènes sur chaque paire de chromosomes. La méiose I et la méiose II se succèdent.
La grande majorité des cellules du corps d'un organisme sont diploïdes ; ils contiennent deux paires de chaque chromosome. Les chromosomes sont les structures physiques sur lesquelles se trouvent les gènes. Cependant, aux fins de la reproduction sexuée, des cellules haploïdes, qui ne contiennent qu'une seule copie de chaque chromosome, sont nécessaires. Sinon, la progéniture produite aurait trop de chromosomes et ne pourrait jamais survivre.
La méiose I mélange les gènes sur les chromosomes parents pour assurer la diversité génétique, puis sépare chaque paire de chromosomes en deux nouvelles cellules filles. Chacun de ces chromosomes est composé de deux chromatides qui, en raison de la recombinaison, portent différentes combinaisons des gènes du parent. Le but de la méiose II est de diviser chaque chromatide, produisant quatre cellules haploïdes. Ces quatre cellules sont appelées gamètes.
À titre d'exemple, les humains portent 46 chromosomes dans leurs cellules non reproductrices. La méiose I chez l'homme produit deux cellules haploïdes avec 23 chromosomes, ou paires de chromatides, et la méiose II divise ces cellules en quatre nouvelles cellules, chacune portant 23 chromatides. Ces gamètes sont mieux connus sous le nom de spermatozoïdes et d'ovules chez l'homme. Lorsqu'ils fusionnent lors de la reproduction sexuée, ils forment une cellule, appelée zygote, qui est à nouveau diploïde avec 46 chromosomes. Le brassage des gènes qui se produit pendant la méiose et le mélange des gènes parentaux pendant la reproduction sexuée contribuent à assurer la diversité génétique d'une espèce.