La microflore indigène est définie comme la communauté de micro-organismes qui vivent sur ou dans un autre organisme vivant ou dans un environnement particulier. Ces micro-organismes comprennent les bactéries, les algues et les champignons.
Les tissus animaux sains, tels que le sang et les muscles, sont normalement exempts de micro-organismes, mais il existe de nombreux endroits sur et dans le corps sain où les micro-organismes sont toujours présents, y compris la peau, les muqueuses et l'intestin tract. Cette flore normale, également appelée « microbiote indigène », n'est généralement pas de nature pathogène et, dans la plupart des cas, apporte des bénéfices à l'hôte. Pour l'essentiel, la relation entre l'hôte et sa flore peut être qualifiée de « mutualiste ». Alors que l'hôte fournit aux bactéries un apport constant de nutriments et une protection contre l'environnement, les bactéries aident les processus digestifs de l'hôte et aident à protéger l'hôte contre les infections par des microbes pathogènes.
Les microbes qui habitent le corps humain moyen en bonne santé représentent un nombre énorme de cellules. Le corps humain est composé d'environ 10 000 milliards de cellules, mais selon le magazine Discover, le nombre de cellules bactériennes que le corps héberge est plus proche de 100 000 milliards, soit dix fois plus. Cependant, parce que les cellules bactériennes sont si minuscules, toute cette population microbienne ne remplirait qu'une cruche d'un demi-gallon.
