Le septum interventriculaire sépare le ventricule gauche du ventricule droit, empêchant ainsi le sang oxygéné de se mélanger avec le sang désoxygéné. Sans cette séparation, le corps ne serait pas en mesure d'obtenir le niveau d'oxygène dont il a besoin pour la subsistance. Le septum contribue également à la forme et à la structure du cœur.
Dans le cœur, les ventricules sont chargés de fournir au corps du sang riche en oxygène. Le ventricule gauche le plus gros pompe le sang dans la majeure partie du corps, tandis que le ventricule droit envoie le sang aux poumons. Si le sang oxygéné du ventricule gauche se mélangeait au sang désoxygéné du ventricule droit, l'intégrité et l'efficacité du système seraient perturbées, empêchant le corps de recevoir un apport suffisant en oxygène.
Le septum remplit le rôle de maintenir les deux ventricules séparés. Il est principalement constitué de muscles épais. Il est incliné vers l'arrière et vers la droite. Sa courbe droite forme une partie de la chambre du ventricule droit.
La partie supérieure du septum sépare le vestibule aortique de l'oreillette droite. Cette portion a une structure très fibreuse.
Le défaut de la cloison ventriculaire est un trouble caractérisé par un trou dans la cloison. Elle survient le plus souvent chez les nouveau-nés.