Dans les poumons, les cellules ciliées déplacent le mucus le long des voies respiratoires et empêchent les agents pathogènes de provoquer des infections. Les cils de l'appareil reproducteur féminin encouragent les ovocytes à se déplacer dans les trompes de Fallope.
L'épithélium cylindrique cilié des voies respiratoires joue un rôle important dans la protection de l'organisme contre les infections et aide à mobiliser le mucus. Ils sont présents le long du nez, des bronches et des bronchioles, et reposent au-dessus des cellules caliciformes productrices de mucus. Lorsque les agents pathogènes pénètrent dans les voies respiratoires, ils se coincent dans le mucus. L'escalator ciliaire le déplace vers le haut pour qu'il puisse sortir par le nez et la gorge. Lorsqu'une personne fume, l'escalier ciliaire est paralysé, ce qui la rend plus vulnérable aux maladies. De plus, ces cellules ont un potentiel de différenciation qui leur permet de réparer les voies respiratoires lorsqu'elles subissent des dommages dus à une bronchite.
Les femmes bénéficient également de la présence de cellules ciliaires dans leur appareil reproducteur. Lorsqu'un ovule sort des ovaires, l'oviducte utilise les cils pour générer un courant qui l'attire dans les trompes de Fallope. Sans la force des cils, les ovocytes n'entreraient pas en collision avec les spermatozoïdes pour former un zygote.
Les cellules ciliées ont tendance à comporter 200 à 300 cils, ce qui augmente la surface et offre des avantages en termes de motilité. Ces cellules sont de forme rectangulaire.