Le chromosome qui porte le moins de gènes est le chromosome Y. Le chromosome Y ne porte qu'environ 344 gènes. Les gènes du chromosome Y déterminent le sexe et codent les caractéristiques sexuelles masculines.
L'absence ou la présence du chromosome Y détermine le sexe d'un être humain. Le chromosome Y s'apparie avec le chromosome X; cette paire est appelée les chromosomes sexuels. Les hommes ont un chromosome X et un chromosome Y. Lorsqu'un homme fabrique des spermatozoïdes, le chromosome Y, parce qu'il possède moins de gènes que le chromosome X, ne peut pas échanger de matériel génétique avec son partenaire. Le chromosome Y passe donc d'une génération masculine à la génération masculine suivante sous une forme relativement inchangée. Le chromosome X est beaucoup plus gros que le chromosome Y. Une femme possède deux chromosomes X. Lorsque son corps forme des ovules, des morceaux de chaque chromosome X se brisent et se recombinent pour créer de nouvelles combinaisons génétiques.