Les protéines dénaturées sont hydrolysées et les liaisons peptidiques sont décomposées en acides aminés facilement digestibles. Les suppléments de protéines contiennent souvent des protéines dénaturées pour augmenter l'absorption. Les athlètes utilisent des protéines dénaturées pour obtenir plus rapidement des protéines supplémentaires dans leurs muscles.
Le processus de dénaturation n'est pas assez puissant pour briser les liaisons peptidiques qui composent les acides aminés des protéines, ils restent donc utiles pour les suppléments et les boissons nutritionnelles. La chaleur est la principale méthode de dénaturation des protéines. L'énergie cinétique de l'augmentation de la température fait vibrer les molécules de la protéine et rompre les liaisons. Certaines vitamines et minéraux sont perdus au cours du processus, mais les acides aminés restent généralement intacts. Les protéines dénaturées dans les poudres incluent souvent des suppléments ajoutés pour compenser les nutriments perdus.
La plupart des protéines sont dénaturées lorsque les gens les mangent. La cuisson des blancs d'œufs dénature la protéine. La dénaturation réarrange les protéines, mais ne les détruit pas. Certaines protéines dénaturées à haute température ont une valeur nutritionnelle inférieure. La dénaturation des protéines nécessite des ajustements de température précis et souvent un processus qui renature la protéine avant son utilisation dans des poudres et des suppléments. Les suppléments de protéines non dénaturées renoncent au processus de dénaturation et contiennent davantage de nutriments d'origine. Les suppléments de protéines sont pour la plupart dénaturés pour augmenter l'absorption et réduire les contaminants.