Les activités involontaires sont contrôlées par le système nerveux autonome, dont le composant principal est une partie du tronc cérébral appelée moelle allongée. Ce système, en tant que sous-ensemble du système nerveux périphérique, fonctionne en dehors du le cerveau et la moelle épinière et est composé des systèmes nerveux sympathique et parasympathique.
La moelle allongée contrôle directement le rythme cardiaque, la pression artérielle, la respiration et la digestion. Le système nerveux sympathique contrôle la réaction de « combat ou fuite » du corps, ce qui augmente rapidement le flux sanguin et le rythme respiratoire en réponse au danger ou à l'excitation. Le système nerveux parasympathique fait le contraire ; il inverse les changements effectués par le système nerveux sympathique afin de calmer le corps, bien que sa réponse soit plus lente et se produit en quelques minutes.