Un organisme non pathogène est un organisme qui ne provoque pas de maladie lorsqu'il est consommé ou lorsqu'il vit dans un organisme hôte. Les organismes qui peuvent causer des maladies sont appelés « pathogènes ».
Non seulement les organismes non pathogènes sont inoffensifs pour leurs hôtes, mais ils peuvent en fait être bénéfiques. Certaines recherches ont démontré que les bactéries non pathogènes peuvent inhiber la croissance et la reproduction des bactéries nocives, selon MedicineNet. De nombreux organismes non pathogènes peuvent également vivre dans le tractus intestinal des humains et d'autres animaux pendant de longues périodes sans causer de maladie ou de perturbation. Ces organismes comprennent des protozoaires non pathogènes comme Chilomastix mesnili, Endolimax nana et Entamoeba coli.