Un organisme pathogène est une bactérie, un champignon, un prion ou un virus qui survit en se nourrissant d'un hôte. Un organisme pathogène provoque généralement une maladie dans l'organisme hôte.
Bien que la plupart des bactéries ne causent pas de maladie chez l'homme, les personnes dont le système immunitaire est affaibli sont plus sensibles aux agents pathogènes opportunistes qui se développent souvent dans l'environnement chaud et humide du corps humain. Les réponses naturelles du corps aux organismes pathogènes envahissants comprennent une augmentation de la température corporelle. Bon nombre de ces réponses naturelles inhibent la capacité de ces organismes à vivre et à se reproduire. Pour survivre face aux antibiotiques, certaines souches de bactéries ont évolué et ont développé la capacité de résister aux formes de médicaments les plus couramment prescrites utilisées pour débarrasser le corps de ces agents pathogènes.