L'iode est souvent utilisé pour colorer les cellules d'oignon avant l'examen microscopique afin d'améliorer la visibilité des cellules. De nombreuses cellules, y compris celles d'oignons et d'autres légumes, sont souvent transparentes. Lorsque les cellules non colorées sont observées au microscope, la lumière passe directement à travers les différentes structures des cellules, révélant peu ou pas de détails. En revanche, lorsque de l'iode ou d'autres colorants sont utilisés, la cellule absorbe le colorant dans ses divers organites et structures, ce qui bloque la lumière et permet à l'œil de l'observateur de détecter les détails de la cellule.
L'iode n'est pas le seul colorant utilisé dans les examens microscopiques. L'iode, le colorant alimentaire, le vert malachite et le bleu de méthylène sont des colorants courants et facilement accessibles. Le vert malachite et le bleu de méthylène sont tous deux disponibles dans les magasins d'aquarium spécialisés, mais l'iode et le colorant alimentaire sont disponibles dans la plupart des pharmacies et épiceries.
Différents types de structures cellulaires fonctionnent mieux avec différents colorants. Pour cette raison, les scientifiques peuvent utiliser un colorant adapté à l'organite spécifique. De plus, les scientifiques peuvent utiliser plusieurs colorants qui mettent en évidence de nombreuses parties différentes des cellules d'une plante ou d'un animal. Les scientifiques doivent toujours faire preuve de prudence, car les colorants ne tachent pas seulement les cellules. Ils peuvent également tacher les mains et la peau des scientifiques.
