L'iode réagit avec l'amidon présent dans les cellules d'oignon, produisant une coloration qui rend les cellules facilement visibles au microscope. Les cellules d'oignon sont naturellement transparentes, il est donc difficile de les visualiser correctement sans utiliser un solution pour augmenter le contraste.
Pour obtenir une image claire des cellules d'oignon, un échantillon de microscope à montage humide doit d'abord être préparé. La personne qui prépare l'échantillon doit déposer une goutte d'eau sur une lame de microscope propre, puis y déposer un morceau de pelure d'oignon. Pour assurer le contraste, une goutte de solution d'iode est ajoutée. L'échantillon est ensuite protégé par une lamelle et observé au microscope. Si l'échantillon contient une plus grande quantité d'amidon, l'ajout d'iode crée une coloration bleue.