Les archées et les bactéries sont des procaryotes dépourvus de noyaux cellulaires et d'organites liés à la membrane, tandis que les protistes sont des eucaryotes qui possèdent ces deux caractéristiques. Les archées et les bactéries sont toujours unicellulaires, tandis qu'un petit nombre de protistes sont des organismes multicellulaires.
Les archées et les bactéries stockent toutes deux leur ADN dans des anneaux appelés plasmides, et toutes deux sont entourées de parois cellulaires. Les protistes stockent leur ADN dans un noyau cellulaire défini. Certains groupes de protistes, comme les algues, possèdent des parois cellulaires ; d'autres groupes, tels que les protozoaires ressemblant à des animaux, n'ont pas de parois cellulaires.
Alors que toutes les archées et bactéries sont des organismes unicellulaires, certains protistes sont des organismes multicellulaires. Les protistes multicellulaires comprennent le varech et d'autres grandes espèces d'algues brunes; toutes les autres espèces de protistes sont unicellulaires. Les trois groupes comprennent des espèces variées qui obtiennent de l'énergie de diverses manières : par la photosynthèse, par la consommation de produits chimiques et par la consommation d'autres organismes.
La plupart des archées consomment des produits chimiques, mais certaines espèces peuvent passer à la photosynthèse si nécessaire. Toutes les espèces d'algues tirent leur énergie de la photosynthèse, mais les protistes animaux et fongiques consomment d'autres organismes pour se nourrir. Les bactéries sont représentées dans les trois groupes et ont une gamme d'habitats plus diversifiée que les archées ou les protistes. Les archées ont le plus petit habitat des trois groupes, vivant dans des environnements extrêmes qui ne peuvent pas supporter d'autres formes de vie.
