Bien que la pollution de l'eau ait de nombreux impacts sur l'environnement, ses effets sont plus facilement visibles dans les lacs et les cours d'eau où la pollution tue les poissons et d'autres formes de vie aquatique. Selon TEACH Great Lakes, les biologistes ont déclaré le lac Érié un lac mort dans les années 1960, pourtant il était plein de vie. Le problème était qu'il s'agissait d'un mauvais type de vie, ce qui a causé une perturbation dans le lac en raison de la pollution.
Les métaux lourds toxiques sont un type de pollution qui affecte les lacs et les rivières. Souvent, les métaux lourds proviennent de procédés industriels, comme les aciéries qui entouraient autrefois de nombreux Grands Lacs. Ces matières sont toxiques pour les poissons et les crustacés, mais elles ont le potentiel d'affecter le reste de la chaîne alimentaire, y compris les animaux qui vivent sur terre ainsi que ceux dans l'eau.
Les bactéries et autres polluants des eaux usées affectent la santé des organismes vivant dans l'eau ainsi que ceux qui la boivent. L'eau potable est un problème pour de nombreux animaux.
Sans pollution, les grands lacs naturels contiennent peu de nutriments pour les plantes et leurs températures restent fraîches toute l'année. Ils dissolvent lentement les minéraux du sol et les matières végétales en décomposition nécessaires pour soutenir une vie végétale adéquate pour la chaîne alimentaire. La pollution augmente les nutriments végétaux dans l'eau, tandis que les déchets industriels augmentent leur température. À mesure que le mauvais type de croissance des plantes augmente, l'apport d'oxygène diminue. Tout en améliorant les conditions de certaines espèces, la pollution affecte l'équilibre naturel et la beauté des plans d'eau ainsi que l'environnement.
