La moisissure du pain se reproduit de manière asexuée, en utilisant la mitose pour former des spores, et sexuellement. La reproduction sexuée implique le contact entre les souches opposées du champignon pour former une zygospore.
La moisissure du pain, Rhizopus stolonifer, se reproduit le plus souvent de manière asexuée. La reproduction commence peu de temps après que la moisissure du pain trouve un substrat approprié et envoie ses structures d'alimentation, ou hyphes, pour absorber les nutriments. Le champignon nourri forme des structures verticales qui contiennent les spores fongiques. Ces spores sont le produit de la mitose et restent avec le champignon jusqu'à ce que les conditions soient propices à leur libération ; généralement, les spores se libèrent lorsque le temps est chaud et sec. Les nouvelles spores atterrissent maintenant sur un nouveau substrat et le cycle de vie du champignon se poursuit.
La moisissure du pain n'a pas de sexes opposés comme les animaux et certaines plantes, mais elle a deux souches d'accouplement. Lorsque les souches opposées poussent les unes à côté des autres, des hormones spéciales les font se toucher. Lorsqu'ils se touchent, les cytoplasmes de leurs cellules se combinent et leurs noyaux se rencontrent et se rejoignent. L'union des noyaux provoque la formation d'une zygospore. Cette structure a une paroi cellulaire très épaisse et la capacité de rester dormante ; ces caractéristiques permettent à une zygospore de survivre à des conditions difficiles. Lorsque les conditions sont favorables, la méiose se produit dans le zygospore pour créer des spores à libérer par le champignon.
