Euglena excrète les déchets de la même manière que les autres protozoaires, à travers un sac vacuole qui peut aspirer et expulser de l'eau chargée de nutriments ou de produits métaboliques. Le sac vacuole s'agrandit au fur et à mesure que les déchets s'accumulent. Ces vacuoles sont déchargées aussi fréquemment que toutes les demi-minutes.
Le cytosol de la membrane plasmique de l'euglena les rend toujours hypertoniques vis-à-vis de leur environnement aquatique environnant. Cela permet à l'eau de s'écouler librement à travers la membrane plasmique, facilitant l'expulsion des déchets de la vacuole. Les vacuoles contractiles sont constituées de deux sous-compartiments, chacun entouré d'une membrane différente. Une membrane est divisée en minuscules tubules et vésicules contenant des enzymes de translocation des protons qui permettent le transport actif des composants à l'intérieur et à l'extérieur des protozoaires. Ce transport actif implique la génération d'un gradient électrochimique à travers les enzymes membranaires, qui pompe les composants indésirables des déchets et pompe les nutriments souhaitables dans le protozoaire.
L'autre membrane sert d'enceinte à un réservoir, dépourvue des enzymes de la première. Cette seconde membrane est élastique, permettant son expansion pour le stockage de l'excès de fluide. La membrane élastique peut fusionner avec la membrane plasmique externe entourant les deux sous-compartiments pour éjecter les déchets indésirables. En plus de l'expulsion des déchets, le sac vacuolaire est responsable de l'osmorégulation de l'intérieur de l'euglène avec son environnement.
