Un élément est une description d'un type d'atome, donc un seul atome est représentatif d'un élément mais pas d'un élément lui-même. « Un atome » fait référence à une entité physique ; "un élément" fait référence à un type d'atome.
Les atomes sont définis par le nombre de protons qu'ils contiennent dans leur noyau. L'élément hydrogène fait référence aux atomes qui contiennent un seul proton, tandis que les atomes d'hélium en contiennent deux. Un isotope est défini par le nombre de neutrons contenus dans le noyau, et les molécules sont décrites par les atomes qu'elles contiennent. L'eau, par exemple, contient un atome d'oxygène et deux atomes d'hydrogène, son nom scientifique est donc monoxyde de dihydrogène.
