Vous ne pouvez pas voir un micro-organisme sans utiliser un microscope. Vous ne pouvez pas non plus goûter ou sentir les micro-organismes tels que les bactéries dans les aliments contaminés. Cependant, vous pouvez sentir l'odeur des bactéries métabolisant la sueur. Les infections fongiques des ongles produisent également une odeur.
Alors que toutes les bactéries et archées sont des micro-organismes, seuls certains champignons et algues le sont. Certains animaux, comme les rotifères et presque tous les protozoaires, sont microscopiques. Les minuscules organismes vivent dans le sol, l'atmosphère, au fond de l'océan et au plus profond des roches. Les micro-organismes aident à la décomposition dans le recyclage des nutriments dans les écosystèmes. Les micro-organismes en suspension dans l'air peuvent influencer les précipitations et les conditions météorologiques. D'autres sont actifs dans le cycle de l'azote.