Bien que tous les micro-organismes ne soient pas dangereux, certains micro-organismes peuvent provoquer des maladies et des infections chez les humains et d'autres êtres vivants. Les micro-organismes, également appelés microbes, contribuent également à la décomposition et à la détérioration des aliments, et ils peuvent partir déchets toxiques même s'ils sont éradiqués du matériel contaminé.
Dans certains cas, les micro-organismes peuvent avoir des effets bénéfiques sur de petites populations, mais une prolifération peut causer des problèmes. Par exemple, les bactéries qui vivent à l'intérieur du tube digestif humain, lorsqu'elles sont équilibrées par d'autres microbes dans le corps, jouent un rôle important dans le processus digestif. Cependant, un déséquilibre des nutriments ou un système immunitaire affaibli peut permettre à des populations de bactéries de se développer, entraînant une infection intestinale et potentiellement une maladie dangereuse.