Les eubactéries se répartissent en quatre catégories principales, à savoir les eubactéries à Gram positif, les protéobactéries, les cyanobactéries et les spirochètes. Les eubactéries sont beaucoup plus courantes que les archaebactéries, qui sont des membres étroitement liés de la division des procaryotes. Les eubactéries vivent dans de nombreuses régions du monde, y compris dans certains des environnements les plus extrêmes et les plus inhospitaliers.
De nombreuses eubactéries ne se distinguent qu'au niveau cellulaire le plus complexe. Les eubactéries à Gram positif sont identifiées et classées selon une technique appelée coloration de Gram. Cette méthode consiste à détecter le volume de peptidoglycane qui existe dans les parois cellulaires de ces organismes. Si cette substance est présente, des colorants spéciaux renvoient cette information aux chercheurs, qui peuvent alors classer l'organisme comme Gram positif. Ces bactéries sont malveillantes mais pas mortelles. Chez l'homme, ils provoquent des maladies telles que l'angine streptococcique et des infections respiratoires. Les protéobactéries comprennent les eubactéries les plus répandues et les plus actives. Un type de protéobactérie est la bactérie entérique, qui comprend l'espèce E. coli. Ce groupe bactérien comprend des organismes qui fixent l'azote en convertissant le gaz en substances ensuite utilisées pour créer des acides aminés et des acides nucléiques. Les cyanobactéries comprennent des organismes qui produisent de l'oxygène et subissent la tâche de la photosynthèse. Ces bactéries sont communément appelées algues bleu-vert et elles apparaissent dans les lacs, les ruisseaux et autres plans d'eau. Enfin, les spirochètes sont des eubactéries en forme de spirale qui existent sous des formes aérobies et anaérobies.